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Les prémices du Fondation Festival de la Cité se retrouvent en 1966 lors d’une motion déposée par le conseiller communal socialiste lausannois Marx Lévy auprès de la Municipalité. Cette motion avait pour objectif d’étudier la possibilité d’organiser annuellement une fête populaire en ville de Lausanne.
Le 21 mars 1968, l’Association pour la Fête à Lausanne vit le jour. Cette première fête a lieu les 28 et 29 juin 1968, avec comme objectif principal d’offrir gratuitement au public une large palette de spectacles. Elle rencontre un grand succès populaire. Menée grâce aux soutiens bénévoles de nombreux artistes, sociétés et associations lausannoises, la Fête de Lausanne élargit son périmètre dès 1969 au quartier de la Cité en proposant une offre culturelle plus vaste, et cela, en utilisant les places de la Cathédrale et du Château.
Les trois premières éditions de la Fête à Lausanne font face à de nombreux incidents en lien à des réactions contestataires, à ordre, parfois, politique. Cette période de grandes révoltes sociales à dimension européenne pousse le comité d’organisation de l’édition de 1971 à annuler la manifestation à deux semaines de son coup d’envoi. Cette décision est prise par peur d’affrontements.
Les prémices de ces révoltes avaient notamment pour objectif de revendiquer un accès à la culture facilité pour tous, essentiellement pour les petites bourses, les jeunes et les ouvriers. Ces revendications ont également été renforcées par le soutien de quelques partis politiques et par la signature d’une pétition par 240 personnalités lausannoises dans le but de protester contre « l’absence de toute politique culturelle ».
Dans ce contexte de revendications et à la suite de l’annulation de l’édition de 1971 de la Fête à Lausanne, l’Association des Amis de la Cité par l’initiative de l’un de ces membres, Gil Pidoux, comédien et écrivain lausannois, propose à la ville de Lausanne de développer un événement culturel à la Cité dans le cadre de la fête. Le Festival de la Cité est né. La Municipalité appuie le projet. Dès 1972, un nouveau festival pluridisciplinaire gratuit d’une semaine prend ses quartiers dans le cœur du quartier historique et vient renforcer l’offre proposée sur 2 jours par la Fête à Lausanne.
En 1983, l’organisation du Festival de la Cité se détache de cette fête qui l’a vu grandir et se constitue, deux ans plus tard. Le Festival de la Cité devient une structure financière indépendante. Cette dernière se transforme en 2002 en une fondation privée. A partir de cet instant, elle prend le nom officiel de Fondation Festival de la Cité et entame un processus de professionnalisation.
Parmi les personnalités qui ont marqué le Festival de leur empreinte, citons Jean-Claude Rochat, Géraldine Savary, Silvia Zamora, Olivier Pavillon et Jacques Bert, directeur historique du Festival qui quitte ses fonctions en 2002.
A la clôture de l’édition 2007, le Conseil de Fondation du Festival de la Cité présidé par Georges Caille décide de restructurer le secteur opérationnel. Il nomme un directeur artistique et administratif, Michael Kinzer, qui prend ses fonctions en septembre 2008. Le Festival de la Cité Lausanne propose dès 2010 six soirs d’effervescence culturelle décloisonnée, sur 15 lieux scéniques dans le périmètre rapproché de la Cité. Le festival fête sa 40ème édition en 2011. En 2013, un Prélude en ville vient se rajouter la semaine précédant le Festival.
Contraint par le chantier du nouveau Parlement vaudois à abandonner son fief historique en 2014, le festival se réinvente avec succès sur le territoire de la Cité au sens large.
Après deux ans, la contrainte est devenue une chance ; celle d’aller à la rencontre des habitants dans d’autres quartiers, de faire découvrir ou redécouvrir la ville de Lausanne à travers le prisme d’un événement artistique et convivial et de continuer à surprendre le public, en l’invitant à assister à des propositions artistiques dans des lieux inattendus.
En 2017, le Festival a retrouvé le quartier historique, libéré d'une grande partie de ses travaux.
En 2018, le Festival a investi la place du Tunnel pour la première fois.
Plus de 80 propositions artistiques (créations et installations in situ, spectacles, installations et concerts) pour 153 représentations sont offertes au public sur 19 lieux différents et en partie inédits.